การเขียนโปรแกรมบนกนูลินุกซ์สามารถทำได้หลายวิธีโดยใช้อุปกรณ์หลายๆ แบบอย่างไรก็ตามสามารถเลือกใช้อุปกรณ์หรือวิธิการเขียนโปรแกรมเพียงแบบใดแบบหนึ่งเท่านั้น ไม่จำเป็นต้องศึกษาทั้งหมด ในบทความนี้แบ่งการเขียนโปรแกรมบนกนูลินุกซ์ออกเป็น 3 แบบได้แก่ การเขียนโปรแกรมประยุกต์เว็บ การเขียนโปรแกรมประยุกต์เดสก์ท็อป การเขียนโปรแกรมที่ไม่มีส่วนติดต่อกับผู้ใช้โดยตรง
การเขียนโปรแกรมประยุกต์เว็บ[]
การเขียนโปรแกรมประยุกต์เว็บน่าจะเป็นรูปแบบที่ผู้คนทั่วไปคุ้นเคยที่สุด ภาษาที่มักใช้งานได้แก่ PHP และ Java เป็นต้น
การเขียนโปรแกรมประยุกต์เดสก์ท็อป[]
การเขียนโปรแกรมประยุกต์เดสก์ท็อปสามารถแบ่งออกเป็น 2 ชนิดย่อยได้แก่ โปรแกรมที่ทำงานแบบกราฟฟิค และโปรแกรมที่ทำงานแบบตัวอักษร
โปรแกรมที่ทำงานแบบกราฟฟิค[]
การเขียนโปรแกรมแบบกราฟฟิคบนกนูลินุกซ์มีภาษาที่นิยมใช้ เช่น ภาษาซี ภาษาซีพลัสพลัส ภาษาซีซาร์ป ภาษาไพทอน เป็นต้น โดยมีชุดเครื่องมือที่นิยมใช้ได้แก่ จีทีเคพลัส และ คิวที